home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ United Public Domain Gold 2 / United Public Domain Gold 2.iso / utilities / pu023.dms / pu023.adf / Micro-View! / MicroView.Doc.Z / MicroView.Doc
Text File  |  1988-07-08  |  11KB  |  155 lines
  1. c
  2. HH  H  H  H  H  H   H   0H1H  0H  H  3H     6H  5H  4H  3H  2H    3H  2H  1H  0H  9H  9H     8H  7H  6H  5H      4H 1H 9H  8H  7H  6H  5H  5H 1H    4H  3H  8H      3H  4H  5H4H  9H  0H  1H  2H  3H         9H  8H  7H  1H       4H     H  H  H  H  H  2H H  H  4H  3H  2H  1H  0H  1H  0H  9H  8H  7H  7H  6H  5H  4H  3H  7H  6H  5H  4H  3H  2H  2H  1H  1H  2H  7H  8H  9H  0H  1H  7H  6H  5H  2H  6H                  6H                            1H                14H  13H  12H  11H  10H     14H15H 15H   17H   19H   21H   23H                                                   11H9H      8H      7H      6H     5H    4H   26H27H   26H   25H   23H   22H   21H   20H   19H    36H            35H   34H   33H   32H   31H   30H   29H   28H             35H      52H     54H  53H  52H  51H  50H  49H  48H  47H        55H  56H  57H  58H  59H  57H        63H   64H   65H   66H   67H   68H   69H   70H     H               2H1H                                                    21H  19H  17H  15H  13H  12H  11H  10H  9H  8H  7H  6H  5H  4H  3H  2H  17H  18H  19H  20H  21H  23H  24H  25H  26H  27H  28H  25H    29H  30H  31H  32H  33H  34H  35H            36H    32H        50H  52H  51H  50H  49H  48H  47H  34H 46H  45H  50H      57H  56H  55H  54H  50H     55H  57H      62H  63H  64H  65H  66H  67H  68H  68H      74H
  3. HHH  H  H
  4. 
  5.  
  6.                       MicroView
  7.         Three Dimensional Molecular Modeling
  8.              Version 0.5ß   20-Aug-88
  9.                   by Wilson Kwok
  10.  
  11. About MicroView:
  13.      If you've ever looked through chemistry texts, you'll find many two-
  14. dimensional diagrams supposedly representing the structure of a molecule.
  15.  
  16.   e.g.     H     H        O          O       H H            Cl
  17.             \   /         |         /        | |             |
  18.              C=C       Cl-C-Cl     H       H-C-C-O-H     Cl__C
  19.             /   \                   \        | |            / \
  20.            H     H                   O       H H          Cl   Cl
  22. Perhaps you've wondered how these would actually look if you could pop them
  23. off the page and rotate them to different viewing angles. MicroView gives 
  24. you the capability to examine structural models in three dimensions!
  26. Using MicroView:
  27.     MicroView must be invoked from CLI and supplied with the filename of a
  28. molecule definition file. (denoted by the '.MOL' extension) For example:
  30. 1> MicroView Test.mol
  32. The structural model of "Test" would be rendered on the upper 3/4 portion
  33. of the display.  A control panel is located on the lower right corner of the
  34. screen. This contains buttons which let you manipulate the molecule and 
  35. perform several special functions. It resembles something like this:
  36.           ___________________________________ __________________
  37.          |\ _______________________________ /|\ ______________ /|
  38.          | |   _____     _____     _____   | | |   ________   | |
  39.          | |  /     \   /     \   /     \  | | |  /        \  | |
  40.          | | |       | |       | |       | | | | |   FULL   | | |
  41.          | | |   Z+  | |   X-  | |   Z-  | | | | |          | | |
  42.          | | |       | |       | |       | | | | |  SCREEN  | | |
  43.          | |  \_____/   \_____/   \_____/  | | |  \________/  | |
  44.          | |   _____     _____     _____   | | |   ________   | |
  45.          | |  /     \   /     \   /     \  | | |  /        \  | |
  46.          | | |       | |       | |       | | | | |          | | |
  47.          | | |   Y-  | | STOP! | |   Y+  | | | | |  LEGEND  | | |
  48.          | | |       | |       | |       | | | | |          | | |
  49.          | |  \_____/   \_____/   \_____/  | | |  \________/  | |
  50.          | |   _____     _____     _____   | | |   ________   | |
  51.          | |  /     \   /     \   /     \  | | |  /        \  | |
  52.          | | |       | |       | |       | | | | |          | | |
  53.          | | | RESET | |   X+  | |  RND  | | | | |   EXIT   | | |
  54.          | | |       | |       | |       | | | | |          | | |
  55.          | |  \_____/   \_____/   \_____/  | | |  \________/  | |
  56.          | |_______________________________| | |______________| |
  57.          |/                                 \|/                \|
  58.           ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯
  59.          Gadget          Function
  60.  
  61.               EXIT    Exit from program
  62.        FULL SCREEN    Hide the control panel and enable full viewing
  63.                          area (Click left mouse-button to call up
  64.                          control panel again)
  65.             LEGEND    Show what element each colored ball represents
  66.              RESET    Reset molecule to initial position
  67.                RND    Random molecule rotation for demonstration
  68.                          purposes (Currently not implemented)
  69.               STOP    Freeze rotating molecule to current position
  70.                 X-    Rotate molecule clockwise around X-axis
  71.                 X+    Rotate molecule counter-clockwise around X-axis
  72.                 Y-    Rotate molecule clockwise around Y-axis
  73.                 Y+    Rotate molecule counter-clockwise around Y-axis
  74.                 Z-    Rotate molecule clockwise around Z-axis
  75.                 Z+    Rotate molecule counter-clockwise around Z-axis
  77. All rotational gadgets are additive. This means that every time you click on
  78. one of those gadgets, the molecule will rotate in the indicated direction 
  79. an additional 0.05 radians per frame.  This allows you to control the 
  80. molecule's rotational speed.  All other buttons are self-explanatory. Just 
  81. experiment with them to see what they do.
  83. Defining Your Own Molecules:
  85.     All files that come with MicroView with the ".mol" extension are sample
  86. models. If you're good at geometry, you can easily create your own!
  87.                                                     y
  88.  
  89.                                                     |
  90.                                                     |
  91.   MicroView uses coordinates                        |
  92.   according to the right-hand system.               |
  93.   The plane of your monitor screen                  |z
  94.   forms the x-y plane with the          ------------O------------ x
  95.   origin located at the center.                     |
  96.   The positive z-axis points                        |
  97.   straight out towards your face.                   |
  98.                                                     |
  99.                                                     |
  101.     A complete molecule definition file consists of the molecule name, atom 
  102. names and corresponding colors, and 3-tuples representing the points in 
  103. space where you want to center an atom. The diameter of an atom is one unit.
  104. Atoms can be rendered in 6 colors: 0=Red, 1=Orange, 2=Yellow, 3=Green,
  105. 4=Blue, 5=Purple.
  107. The general format of a molecule file is described here in "C" data types:
  109.   %s                              ; Name of molecule
  110.   %d                              ; Number of different atoms in molecule
  111.   %d     %s \
  112.       :      \___________________ ; An array representing all atom color
  113.       :      /                    ; values and labels (6 characters max.)
  114.   %d     %s /
  115.   %d                              ; Number of total atoms in molecule
  116.   %f     %f     %f     %d \
  117.              :             \      ; An array of 3-tuples representing the
  118.              :              >---- ; the centered location of each atom,
  119.              :             /      ; followed by the atom's color value
  120.   %f     %f     %f     %d /
  122.   Here is a simple illustrative example:
  124.   Linear 5-Atom Molecule          ; Name of molecule
  125.   3                               ; Three different atoms in this molecule
  126.   0      C                        ; Red ball represents carbon atom
  127.   3      Cl                       ; Green ball represents chlorine atom
  128.   5      F                        ; Purple ball represents flourine atom
  129.   5                               ; Five atoms in this molecule
  130.   0      0      0      0          ; Place a red ball at (0,0,0)
  131.   -2     0      0      3          ; Place a green ball at (-2,0,0)
  132.   -1     0      0      3          ; Place a green ball at (-1,0,0)
  133.   1      0      0      5          ; Place a purple ball at (1,0,0)
  134.   2      0      0      5          ; Place a purple ball at (2,0,0)
  135. Atoms should be located within an imaginary 4-unit radius sphere centered
  136. at the origin.  Atoms that lie outside this region may not appear in the
  137. viewing area, and could result in an erratic display when the molecule is 
  138. rotating about. Examine the samples for help in creating your own.
  140. Program Distribution, Inquiries, & Support:
  142. This program is freely distributable to anyone, everywhere. Upload it to
  143. your local BBS.  If you find this program useful (or at least interesting)
  144. and have any questions, you can contact me at any of the following BBS's 
  145. I'll answer any questions if you need help in creating molecule files, or 
  146. want to know how the program works.   
  147.  
  148.                Wil Kwok
  149.  
  150.         Elmhurst BBS        Battlefield BBS
  151.         (718) 565-7482      (718) 969-8156
  152.         Both are 300/1200/2400 bps & 24 hrs.
  154.          CLICK CLOSE GADGET, OR USE CTRL-C OR CTRL-D TO EXIT  
  155.